Händelsen inträffade i augusti förra året. Den för tidigt födda pojken vårdades på Sachsska barnsjukhuset vid Södersjukhuset när han insjuknade i blodförgiftning. Han fördes till Astrid Lindgrens barnsjukhus i Solna och fick respiratorbehandling, men hans liv gick inte att rädda.
Ett blodprov visade att pojken var smittad med resistenta E coli-bakterier.
Efter händelsen har Södersjukhuset tagit prover på omkring 200 barn, rapporterar Sveriges Televisions ABC. Ytterligare elva bar på de resistenta bakterierna, men ingen av dem blev sjuka.
Dödsfallet har nu anmälts till Socialstyrelsen enligt lex Maria.