Få hela storyn
Starta din prenumeration

Prenumerera

Apotek

Svensk proteinatlas publicerad

Publicerad: 26 januari 2015, 07:38

Redan i november presenterades huvudresultaten av Human Protein Atlas, en stor svenskledd kartläggning av människans proteiner. Nu publiceras resultaten mer på detaljnivå i en artikel i tidskriften Science.


Ämnen i artikeln:

LäkemedelLäkemedelsföretagLäkemedelsverket

Tillsammans med resultat från andra liknande  kartläggningar ger forskarna där en bild av vad som gör att kroppens  vävnader ser olika ut, trots att alla celler innehåller samma arvsmassa.

Men faktum är att de olika vävnaderna inte innehåller så  värst olika typer av proteiner, vilket var något som fick forskarna att  höja lite på ögonbrynen. 44 procent av de runt 20 000 undersökta  proteinerna fanns i varierande mängd i alla undersökta vävnader.

– Det visar att de mesta av proteinerna faktiskt behövs  för att upprätthålla basala funktioner i kroppen, som celldelning,  energiproduktion och metabolism. Framför allt är det proteiner som har  med ämnesomsättning att göra som uttrycks brett i kroppen, säger Fredrik  Pontén, professor vid Uppsala universitet och en av de ansvariga för  projektet.

Av de resterande proteinerna var det 32 procent som  fanns i flera olika men inte alla vävnader, medan 12 procent bara fanns i  en enda vävnadstyp. I den sista gruppen utmärkte sig testiklarna som  det organ med störst andel unika proteiner.

– Det har sannolikt att göra med den ständigt pågående  könscellsdelningen där och att spermierna måste klara sig utanför  kroppen på ett annat sätt än människans övriga celler, säger Fredrik  Pontén.

Motsvarande ”unika resultat” hittade inte forskarna när  de tittade på kvinnans könsorgan, äggstockarna. En orsak är att  könscelldelningen där sker redan på fosterstadiet och att forskarna inte  undersökt vävnad från foster.

Ännu har forskarna inte hittat 10 procent av kroppens  proteiner som man tror finns. Att hitta dessa är en av utmaningarna i  framtiden.

– En del kan finnas i vissa svåråtkomliga vävnadstyper i  till exempel innerörat. Men en del av de saknade proteiner existerar  förmodligen inte heller. Vi bara tror att de existerar för att det finns  en särkskild gensekvens, säger Fredrik Pontén.

Ett annat oväntat fynd som forskarna lyfter fram är att  av 618 proteiner som är kända måltavlor för läkemedel så finns 30  procent i alla undersökta vävnader.

– Man tänker ju ofta på läkemedel som att de har  specifika effekter kopplade till särskilda organ. Att så många måltavlor  finns överallt i kroppen ger inte minst perspektiv på varför  biverkningar inträffar, säger Fredrik Pontén.

Andra resultat av kartläggningen visar bland annat:

■ Att levern inte överraskande var det mest metabolt aktiva vävnaden, följt av fettväv och skelettmuskulatur.
■ Att hjärnan och levern är de organ som efter testiklarna uttrycker mest unika proteiner.
■ Att många av de vävnadsspefika proteinerna är nedreglerade i olika  cellinjer som ofta används i olika laboratorieförsök. Det visar enligt  forskarna att resultat från sådana studier ska tolkas med försiktighet.

Human Protein Atlas är inte den första stora  kartläggningen av människans proteiner som publicerats. Förra året kom  huvudresultaten från två andra projekt där man använt sig av  masspektroskopisk analys – till skillnad från det antikroppsbaserade  tillvägagångsätt som används i den nu aktuella kartläggningen.

– Vår metod har en fördel i att upplösningen är högre.  Vi kan se i vilka olika typer av celler i de olika organen som  proteinerna finns. Ett av våra nästa mål är att se i vilka olika  organeller i cellerna som proteinerna finns. Där hoppas vi resultaten  ska vara klara år 2016, säger Fredrik Pontén.

Human Protein Atlas är ett av de största svenska  forskningsprojekten någonsin. Det leds av professor Mathias Uhlén, har  pågått i elva år och sysselsatt 150 personer på heltid i Sverige,  Indien, Sydkorea och Kinas. Projektet har finansierats med 900 miljoner  kronor från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Forskare runt om i världen kan fritt använda databasen.  Den består av över 13 miljoner bilder av vävnadssnitt där man ser  förekomsten av olika proteiner.

Läs sammanfattning av artikeln:

Mathias Uhlén med flera. Tissue-based map of the human proteome. Science 2015; 347: No 6220. DOI: 10.1126/science.1260419

Carl-Magnus Hake

Reporter

carl-magnus.hake@dagensmedicin.se

Dela artikeln:


Dagens Medicins nyhetsbrev

Välj nyhetsbrev