Få hela storyn
Starta din prenumeration

Prenumerera

Nyheter

Ny DNA-atlas visar skillnader mellan kroppens celltyper

Publicerad: 26 mars 2014, 18:00

Forskare har nu kartlagt de skillnader i hur gener uttrycks som gör att en hjärtcell till exempel är annorlunda än nervcell. Arbetet har bjudit på flera nya insikter om hur vår arvsmassa fungerar.


– Framför allt blir detta en nyttig resurs för forskare över hela världen. Men vi ser också en del förvånande resultat. Till exempel att det är ganska få gener som uttrycks på samma sätt i alla vävnader. Det handlar bland annat om gener som modifierar RNA och är inblandade i celldelning, säger svensken Albin Sandelin, som är professor vid Köpenhamns universitet.

Han har varit en av ledarna för det stora kartläggningsprojektet Fantom 5, vars resultat nu publiceras i en serie artiklar i tio olika tidskrifter, varav två huvudartiklar i Nature.

Forskarna använde en och samma teknik, CAGE, för att mäta uttrycket av olika gener och andra typer av DNA-sekvenser i runt 400 typer av celler som finns i människokroppen.

– Det är bara några enstaka celltyper vi inte kunde ha med, till exempel vissa celler som finns under fosterutecklingen och som är svåra att analysera av etiska skäl, säger Albin Sandelin.

Kartläggningen har också gett en systematisk bild av förekomsten och aktiviteten av så kallade enhancers, regioner i arvsmassan som reglerar uttrycket av olika gener. Ofta är enhancern belägen långt ifrån genen i fråga och aktiverar genen genom att DNA-tråden veckas så att de bägge regionerna kommer i kontakt med varandra.

– Vi ser att det ofta krävs att enhancern själv ska transkriberas, alltså översättas till en RNA-sekvens, för att den ska bli aktiv. Detta har varit okänt tidigare och innebär att vi nu kan kartlägga enhancers aktivitet i alla celltyper, säger Albin Sandelin.

Ett annat fynd från kartläggningen var att många av de olika genvariationer som kopplas sammam med sjukdomar finns i just enhancers. Enligt Albin Sandelin gör det att man i fortsättningen lättare kan ringa i de variationer som är kausala i utvecklingen av sjukdomar.

– När det gäller till exempel Graves sjukdom, som innebär en överaktivitet av sköldkörteln, hittar vi många genvariationer kopplade till sjukdomen i just de enhancers som är aktiva i sköldkörtelceller, säger Alin Sandelin.

Bakom kartläggningen står över 250 forskare från 114 olika laboratorier i fler än 20 länder, bland andra från Karolinska institutet. Arbetet har letts från forskningsinstitutet Riken i Japan. Data från kartläggningen kommer finnas tillgängliga på webbplatserna för Riken och Köpenhamns universitet.

Läs abstract till de två arbetena i Nature:

Robin Andersson och Claudia Gebhard med flera. An Atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature 2014; 507: 455–461. DOI: 10.1037/nature12787
The FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST. A promoter-level mammalian expression atlas. Nature 2014; 507: 462–470. DOI: 10.1038/nature13182

Relaterat material

Arvsmassans funktion är kartlagd

Årets tio viktigaste forskningsnyheter

Människans genetiska variation är ny

Så varierar aktiviteten hos gener mellan människor

Carl-Magnus Hake

Reporter

carl-magnus.hake@dagensmedicin.se

Dela artikeln:


Dagens Medicins nyhetsbrev

Välj nyhetsbrev

Se fler branschtitlar från Bonnier News