Få hela storyn
Starta din prenumeration

Prenumerera

Nyheter

Svensk proteinatlas publicerad

Publicerad: 23 januari 2015, 15:58

Redan i november presenterades huvudresultaten av Human Protein Atlas, en stor svenskledd kartläggning av människans proteiner. Nu publiceras resultaten mer på detaljnivå i en artikel i tidskriften Science.


Tillsammans med resultat från andra liknande kartläggningar ger forskarna där en bild av vad som gör att kroppens vävnader ser olika ut, trots att alla celler innehåller samma arvsmassa.

Men faktum är att de olika vävnaderna inte innehåller så värst olika typer av proteiner, vilket var något som fick forskarna att höja lite på ögonbrynen. 44 procent av de runt 20 000 undersökta proteinerna fanns i varierande mängd i alla undersökta vävnader.

– Det visar att de mesta av proteinerna faktiskt behövs för att upprätthålla basala funktioner i kroppen, som celldelning, energiproduktion och metabolism. Framför allt är det proteiner som har med ämnesomsättning att göra som uttrycks brett i kroppen, säger Fredrik Pontén, professor vid Uppsala universitet och en av de ansvariga för projektet.

Av de resterande proteinerna var det 32 procent som fanns i flera olika men inte alla vävnader, medan 12 procent bara fanns i en enda vävnadstyp. I den sista gruppen utmärkte sig testiklarna som det organ med störst andel unika proteiner.

– Det har sannolikt att göra med den ständigt pågående könscellsdelningen där och att spermierna måste klara sig utanför kroppen på ett annat sätt än människans övriga celler, säger Fredrik Pontén.

Motsvarande ”unika resultat” hittade inte forskarna när de tittade på kvinnans könsorgan, äggstockarna. En orsak är att könscelldelningen där sker redan på fosterstadiet och att forskarna inte undersökt vävnad från foster.

Ännu har forskarna inte hittat 10 procent av kroppens proteiner som man tror finns. Att hitta dessa är en av utmaningarna i framtiden.

– En del kan finnas i vissa svåråtkomliga vävnadstyper i till exempel innerörat. Men en del av de saknade proteiner existerar förmodligen inte heller. Vi bara tror att de existerar för att det finns en särskild gensekvens, säger Fredrik Pontén.

Ett annat oväntat fynd som forskarna lyfter fram är att av 618 proteiner som är kända måltavlor för läkemedel så finns 30 procent i alla undersökta vävnader.

– Man tänker ju ofta på läkemedel som att de har specifika effekter kopplade till särskilda organ. Att så många måltavlor finns överallt i kroppen ger inte minst perspektiv på varför biverkningar inträffar, säger Fredrik Pontén.

Andra resultat av kartläggningen visar bland annat:

■ Att levern inte överraskande var det mest metabolt aktiva vävnaden, följt av fettväv och skelettmuskulatur.
■ Att hjärnan och levern är de organ som efter testiklarna uttrycker mest unika proteiner.
■ Att många av de vävnadsspecifika proteinerna är nedreglerade i olika cellinjer som ofta används i olika laboratorieförsök. Det visar enligt forskarna att resultat från sådana studier ska tolkas med försiktighet.

Human Protein Atlas är inte den första stora kartläggningen av människans proteiner som publicerats. Förra året kom huvudresultaten från två andra projekt där man använt sig av masspektroskopisk analys – till skillnad från det antikroppsbaserade tillvägagångsätt som används i den nu aktuella kartläggningen.

– Vår metod har en fördel i att upplösningen är högre. Vi kan se i vilka olika typer av celler i de olika organen som proteinerna finns. Ett av våra nästa mål är att se i vilka olika organeller i cellerna som proteinerna finns. Där hoppas vi resultaten ska vara klara år 2016, säger Fredrik Pontén.

Human Protein Atlas är ett av de största svenska forskningsprojekten någonsin. Det leds av professor Mathias Uhlén, har pågått i elva år och sysselsatt 150 personer på heltid i Sverige, Indien, Sydkorea och Kinas. Projektet har finansierats med 900 miljoner kronor från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Forskare runt om i världen kan fritt använda databasen. Den består av över 13 miljoner bilder av vävnadssnitt där man ser förekomsten av olika proteiner.

Läs sammanfattning av artikeln:

Mathias Uhlén med flera. Tissue-based map of the human proteome. Science 2015; 347: No 6220. DOI: 10.1126/science.1260419

Relaterat material

Ny DNA-atlas visar skillnader mellan kroppens celltyper

Preliminär atlas över människans proteiner finns klar

Carl-Magnus Hake

Reporter

carl-magnus.hake@dagensmedicin.se

Dela artikeln:


Dagens Medicins nyhetsbrev

Välj nyhetsbrev