Den här sajten är bara till för dig som arbetar i hälso- och sjukvården.

  • Annonsera
  • Prenumerera
  • Kontakt
  • E-tidning
  • Lediga jobb
  • Logga in

Proteinet SON på bilden är viktig för att mRNA ska kunna trimmas, så kallad splicing.

Proteinet SON på bilden är viktig för att mRNA ska kunna trimmas, så kallad splicing. Bild: Human protein atlas

Fokus på cellernas proteiner i jätteatlas

Nu lanseras en interaktiv bildbank som avslöjar var proteinerna finns i cellen. Kunskapen kan bland annat hjälpa forskare som vill veta mer om proteiners funktioner. 

Annons:
Emma Lundberg, docent vid KTH, ansvarar för projektet med cellatlasen.

Den så kallade cellatlasen är en del av databasen Human protein atlas. Sedan tidigare ingår även en vävnadsatlas i databasen som visar var kroppens proteiner uttrycks. Och nu zoomar alltså forskare in på människans proteiner ännu ett snäpp.

– Cellatlasen kan ge oss bra ledtrådar om proteiners funktioner inuti cellerna. Vet man exempelvis att ett protein sitter på cellytan så kan det vara involverat i signalering medan ett protein i cellkärnan gissningsvis är viktig för dna-reglering, säger Emma Lundberg, docent vid KTH.

Hon ansvarar för projektet med cellatlasen och är även verksam vid Science for Life Laboratory.

Cellatlasen riktar sig främst till personer verksamma inom grundforskning. Den kan exempelvis bli ett verktyg för forskare som arbetar med metabola sjukdomar och vill undersöka dysfunktionella mitokondrier, menar Emma Lundberg.

– Genom att slå i atlasen går det att identifiera mitokondriens samtliga proteiner. Och då kanske man upptäcker att det finns 1 000 proteiner till förutom de tio mest kända. Kan hända finns en mutation i något utav alla dessa proteiner som är värd att titta närmare på, säger hon.

I cellatlasen finns 80 000 högupplösta mikroskopbilder av cellernas inre, där proteinerna har färgats gröna. Fler än 12 000 mänskliga proteiner har kartlagts till 30 olika strukturer. Men det är inte enbart forskare som har arbetat med atlasen – även dataspelare har hjälpt till.

– Spelarna har fått leta efter de gröna proteinerna i särskilda cellbilder som lagts in i ett existerande dataspel. På så sätt har vi fått hjälp att kategorisera mönster av proteinfärgningar, säger Emma Lundberg.

Spelet pågår fotfarande och hittills har fler än 150 000 personer deltagit.  

En överraskande upptäckt under arbetets gång var att närmare hälften av människans 20 000 proteiner återfinns på flera olika ställen i cellen. Det är betydligt fler än vad man tidigare har trott, påpekar Emma Lundberg.

Framöver kommer forskarna fortsätta att fylla på databasen med fler proteinbilder. Cellatlasen finns öppen för alla och går att hitta här. Bakom projektet står bland annat forskare från KTH och Science for Life Laboratory i Uppsala och Solna.

Under nästa år släpps även en mer komplett canceratlas som ska utgör en tredje del av Human protein atlas. 

Relaterat material
Svensk proteinatlas publicerad

Kommentarer

Jag är ingen robot:   3 + 7 =   (ange summan i fältet)
Jag godkänner för artikelkommentarer Dagens Medicins regler